El exconvento de San Miguel, tiene una arquitectura de tipo colonial con subtipo plateresco, la etimología es uno de los cuatro primeros establecimientos franciscanos que se dedicaron en la Nueva España. En este templo se venera a San Miguel, patrono de Huejotzingo. Fundado por olmecas-xicalancas y habitado por toltecas-chichimecas, el señorío de Huejozingo tuvo su época dorada en los siglos Xlll y XIV. Aunque en el siglo XV los aztecas lo sometieron, cuando llegaron los españoles, a fines de 1519, el señorío se hallaba sustraído a aquellos. Esto explica por qué los guerreros huejotzincas se unieron a Cortés, para acabar con el poderío de México-Tenochtitlan. En 1525, los franciscanos edificaron un convento en Huejotzingo, cuando la ciudad se hallaba todavía en un lugar aislado por hondas barrancas, hoy conocido como San Juan Loma. En 1529, Huejotzingo se trasladó al sitio que hoy ocupa y aquel primer convento fue demolido para hacer otro con sus piedras, que tampoco sobrevivió. Así, el actual convento de San Miguel es el tercero construido por los franciscanos, entre 1544 y 1570, bajo la sapiente dirección de fray Juan de Alameda. El exterior del templo presenta una mezcla de plateresco y mudéjar. El primer estilo se expresa en el contraste de amplios espacios lisos con reducidos espacios ornamentados, como sucede en la fachada lateral, cuya puerta rodea una prolija decoración de hojas y cardos. El segundo se manifiesta, sobre todo, en la forma conopial del arco de la puerta mayor. Adentro es admirable el retablo central, uno de los pocos del siglo XVI que se conservan en México, obra del artista español Simón Pereyns. También destaca el pétreo decorado de la puerta de la sacristía, que forma una malla cuajada de flores.
El ex convento acoge el modesto Museo de la Evangelización, a cargo del Instituto Nacional de Antropología e Historia. En la sala de profundas hay una célebre pintura al fresco, con las figuras de los primeros doce franciscanos que llegaron a la Nueva España (en 1524), encabezados por fray Martín de Valencia. En el atrio de la iglesia conviene detenerse a ver las capillas posas, construidas hacia 1550. Reciben tal nombre por servir para posar al Santísimo en las procesiones, aunque también se utilizaban como capillas de indios. En su fino decorado son notorios dos emblemas franciscanos: el escudo de las cinco llagas del Señor y el cordón rematado por flecos, símbolo del lazo con que se ató a Cristo para ser azotado y de los votos de la orden: pobreza, obediencia y castidad.
