La fachada de este templo se halla labrada y policromada de tal forma, que semeja un retablo. Consta de dos cuerpos y un remate orlado de volutas, con flameros que se repiten en la espadaña y en la torre, dando la impresión de fina repostería. El barroco se define en las columnas salomónicas de la torre, y el churrigueresco se perfila en las estípites del segundo cuerpo y el remate. Pero lo más admirable de esta obra es su vestido multicolor de mosaicos de talavera, fabricados expresamente para ella. Razón de sobra tuvo así don Manuel Toussaint, cuando dijo que -la magnificencia de la fachada es tal, que parece un templo de porcelana digno de ser guardado bajo un capelo de cristal-. El interior no es menos asombroso: su decoración fascina tanto por la densidad y brillantez de las formas, como por la expresión de las imágenes. A diferencia del templo de Tonantzintla, en el de Acatepec no se insinúa el mundo indígena. Partiendo de la bóveda del coro, las yeserías refieren la Encarnación y el Alumbramiento del Hijo de Dios, mediante las figuras de la Santísima Trinidad y de un sol resplandeciente, y como consecuencia la formación de la Sagrada Familia, que aparece en la bóveda del testero. Los evangelistas que narran dichos pasajes figuran en los arcos laterales de la bóveda solar, con los atributos que los caracterizan: san Marcos con un león, san Mateo con un ángel, san Lucas con un toro y san Juan con un águila. La imagen de san Francisco, a quien la iglesia está dedicada, se encuentra dentro de una vitrina, entre las columnas helicoidales del retablo central.
